然而燕南园也有其不足之处。被采访者普遍指出的有以下几点：
其一是来游览观光的人群打破了原有的宁静和洁净，过路的汽车扬尘和制造噪音，给园内的环境带来了很大程度的破坏。
其二是公厕的问题。公厕占用的土地是过去孩子们的游戏场，而由于疏于管理，公厕的建设不仅消灭了孩子的游乐，也对环境造成了很大的影响。其实在燕南园中，每户独立的住宅中都有独立的卫生设施，公厕的设立只是为园外小商小贩提供了便利。作为北大校园中少见的几个室外公厕之一，它的设立自然有其道理，然而选址在富有文化底蕴和深厚内涵的燕南园，选址在老教授们读书治学的燕南园，或许并不是很合理。
其三是办公与住宅的矛盾。正如一位被采访者指出，燕南园中有的住宅已经被学校划归某些行政机构，行政机构的办公进一步打破了园子的宁静，不能不引起深思。
燕南园的风韵，代表的正是北大风韵的一部分，是治学的风范和怡然的性情。它的完整，是北大的不可分割的一分。也许，它的宁静不应该遭到打破和窥伺……
3、苹果园的变迁――静园草坪
著名的静园草坪过去是一片苹果园，作为草坪，它取代的是过去的东草坪的地位。曾经的东草坪就在现在的新图书馆的位置，它曾经是很为学生们所喜爱的一片浪漫草坪。有一名北大学生这样写道：“东草坪是北大老图书馆东边的那块地儿。这里曾经是高晓松那帮拿把破吉它到北大糊弄小女生的主儿极尽能事的舞台，更是我们北大人读书休憩的好地方。很多北大的情侣相识、相约、相恋在东草坪，他们对这块草地的感情更深厚。……李嘉诚说：这块地儿空着怪可惜的，我给你们点儿钱，再修半截图书馆吧。一年后，这里再没有一人一张报纸一本书的景象了，一座比最高人民法院还庄严肃穆的建筑淹没了本来该发生的好多故事。”后经学生强烈要求，原先的苹果园就被改成了草坪。草坪的浪漫又恢复了，然而那片校园中不可多得的果园却永远地失去了。多少总是有些可惜的。
兼容，或许真的很难。这些年来，北大为了接纳越来越多的求学者，为了与国际接轨，很多原有的自然和人为的独特的风景都只能让位给新的建筑，这引起了无数老北大人的感怀。而发展总是要有的，关键是怎样发展，如何在适宜的地方做到寸土寸金地利用土地，而在另一些地方留下我们的骄傲。如果有一天，未名湖开始缩小，或者未名湖周围矗立起了新式的建筑，那才是我们真正的悲哀。
“一塔湖图”并非北大的全部，北大的精神，很广，北大的骄傲，就在于它所创造的文化，科学与自然的和谐统一……
4、匠心独具――通向未名湖的小径
北大的校园北部可以说是古韵十足，像中国的传统园林，在优美的浪漫中又给人以思想和历史的沉重感。“北大的生活更接近于传统的文人士大夫。”一位总是喜欢留连于未名湖畔的清华学生说。这种文人士大夫气，从那一条条通向未名湖的小径也可以体现出来，它的荫蔽和静谧，构成了北大独特的风景。
幽静的小径边生长着各色的植物。引人注目的是雪松下的石头，它独特的用途使人耳目一新。松针下部的蜡质物是酸性物，下落到土壤中会使土壤受到酸化影响，土质变差，以至于到了刮风的时候会有尘土飞扬。而石头可以防止扬尘，从而保证了这里路面与空气的清新与洁净。
而路旁的传统建筑的大屋檐则为麻雀等鸟类提供了良好的生活环境，鸟鸣声不绝于耳。在这里，人与自然真正融为一体,是一道不可多得的风景。
新华网2002年10月6日有如下报道：
“走进北京大学校园，树枝上、草地上、教学楼旁、图书馆前、未名湖畔、博雅塔顶……到处都可看到成群的喜鹊以及其他各种飞禽，一派“校园处处闻啼鸟”的景象。
“19年前毕业于北大中文系的北大党委宣传部副部长张黎明在接受新华社记者采访时说，他上大学时
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