1、各单位资金往来
以资产清查基准日为时点，采取倒轧的方式对各项账务进行全面清理，要求各单位做好内部账户结算和资金核对工作。要做到内部各部门之间、上下级单位之间往来关系清楚、资金关系明晰。
单位内部往来款项原则上不能作为资产清查损溢申报。但为全面摸清行政事业单位及其控制单位的“家底”，如实反映单位存在的矛盾和问题，真实、完整地反映单位资产状况，内部的单方挂账在同时取得下列证据时可以作为资产清查损溢：
（1）单方挂账产生的内部证据，包括：会计核算有关资料和原始凭证；相关经济行为的业务合同；形成单方挂账的详细原因；
（2）债务方提供的不承认此笔挂账的理由；
（3）中介机构对该笔挂账的经济鉴证证明。
2、资产损溢
中介机构在资产清查中发现的资产损溢，应按照行政事业单位资产清查有关政策的规定予以确认；
对清理出来的各种由于会计技术性差错造成的错账，应当根据会计制度关于会计差错调整的规定自行进行账务调整。
3、文物作为一种特殊形态的固定资产，由政府有关主管部门组织管理和收藏的单位负责清查登记。对文物原则上只登记实物量。一些有价文物可以按照国家文物局、财政部（89）文物计字第877号文发布的《文物、博物馆事业单位财务管理办法》第28条的规定办理：“对现有文物藏品，凡能够估价的都要估价入账；无法估价的，可登记品种、等级和数量。对于新征集的文物，应按实际收购金额入账；对接收捐献的文物可估价入账”。
4、或有事项
审阅对外借款合同、协议等，以发现对内或者对外的或有负债、担保情况、财产抵押和司法诉讼等线索，根据实际情况分类编制情况说明。
九、审计关注的重点
为确保此次资产清查审计质量，确定本次资产清查的审计重点如下：
1、按申报金额排序，重点关注盘盈及报损额较大、证据不全及特殊的拟个案处理的项目
资产清查的重点应放在单笔报损金额较大、证据不全及特殊的拟个案处理的报损项目上。具体操作时可先对各单位通过初步自行清查提出的拟申报盘盈及报损清单中按金额及证据情况分为abc三类，a类是金额较大、影响较大或比较特殊可能需个案沟通处理的项目，会计师事务所应予以重点关注，督促各单位集中力量进行重点取证，收集材料，并积极与资产清查部门沟通；c类是金额不大或性质不重要的项目，对于此类项目，可予以适当关注；b类是界于a类与c类之间的项目，予以一般关注。
2、保证时间进度
会计师事务所按资产清查时间进度和审计内容制定审计计划，保证资产清查工作按期完成。
3、其他关注方面
会计师事务所关注已交付使用但长时间未转固的基建工程、以及已报废、毁损或丢失未销账的固定资产情况，同时应对资产出租、出借、对外投资、担保等情况进行必要关注。
十、对会计师事务所的要求
1、为了控制审计风险，保证行政事业单位资产清查专项审计报告的质量，资产清查部门向各会计师事务所就有关事项下发审计工作要求，各会计师事务所应按要求及时提交有关资料。
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