（一）卫生部门是全县新型农村合作医疗的主管机构，负责全县新型农村合作医疗组织、实施、联络、协调和医疗服务机构的行业管理；
（二）财政部门负责新型农村合作医疗经费和资金的拨付、管理、监督工作，以及对参合农民个人筹资的收缴审核工作，保证县级财政补助经费和参合农民补偿金及时足额到位；
（三）民政部门负责提供农村五保户、低保户和百岁老人逐人花名册，并代缴五保户、低保户和百岁老人个人参合资金部分；
（四）发改部门负责将新型农村合作医疗制度纳入国民经济和社会发展规划；
（五）广电部门负责新型农村合作医疗制度的宣传报道，开辟专栏、专题，广泛开展宣传，形成强大舆论氛围，以及公布合作医疗的重要信息；
（六）审计部门负责对新型农村合作医疗基金收支和管理情况进行年度审计；
（七）公安部门负责参合人员的户籍认定工作；
（八）食品药品监管部门负责药品的监管，依法查处非法制售假劣药品的违法行为，保证农村居民用药安全；
（九）农业部门负责新型农村合作医疗的宣传发动工作，加强信息反馈，协助资金管理，监督资金使用；
（十）人口和计生部门将新型农村合作医疗的政策、措施和相关知识纳入对育龄人群的宣传内容，配合做好相关宣传发动工作；
（十一）物价部门负责对定点医疗机构的收费项目、收费标准、药品价格进行管理，定期进行督查；
（十二）监察部门对各级政府和政府有关部门及其工作人员在新型农村合作医疗工作中履行职责的情况实施监察。
第四章参合者的权利和义务
第十五条农民参加新型农村合作医疗享有下列权利：
（一）自愿参加新型农村合作医疗的权利；
（二）选择方便、安全的定点医疗机构就医的权利；
（三）享受规定范围内的医疗费用补偿的权利；
（四）享受定点医疗机构提供安全、有效、便捷、经济的卫生服务权利；
（五）对新型农村合作医疗管理有知情、建议、监督和举报权利。
第十六条农民参加新型农村合作医疗应当履行下列义务：
（一）以户为单位，全员、及时、足额缴纳参加新型农村合作医疗资金；
（二）遵守新型农村合作医疗管理机构和定点医疗机构的有关规章制度；
（三）因病就诊和申请补偿时，向定点医疗机构提交本人相关证件和有关材料。
第五章基金筹集与管理
第十七条新型农村合作医疗基金（以下简称“新农合基金”）由个人缴费和各级财政补助构成，每年每人100元。其中，个人缴费以户全员为单位，每年每人20元；中央财政补助每年每人40元,省财政补助每年每人30元,县财政补助每年每人10元。新农合基金分风险基金、统筹基金两个部分。风险基金，是从新农合基金中提取用于弥补新农合基金非正常超支的专项储备金，原则上保持在当年筹资总额的10%，基金的管理按《安徽省财政厅、卫生厅关于建立新型农村合作医疗风险基金的通知》（财社[2004]123号）执行；统筹基金，是集中用于补偿参合农民住院和门诊治疗医药费用的基金。其中,新农合基金75%用于住院统筹支出(含符合计划生育政策住院分娩定额补偿金),25%用于门诊统筹支出。从2009年起,取消家庭帐户的设立。
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